La única fuente documental sobre la existencia de la Hermandad de la Salutación está datada en el siglo XVII en 1649, en el testamento de Ciriaco Sánchez y su mujer Leonor Suárez, vecinos de Málaga, que desean ser enterrados en la Iglesia de San Juan:

“…Atento que somos hermanos de la hermandad del Santo Cristo dela Salutación de la cofradia que sale d ela dicha parrochia el miércoles santo…”

Es por tanto imposible precisar cuándo fue fundada esta Hermandad y el momento de su postrera extinción.

El Domingo de Ramos de 1984, 15 de abril, un grupo de cofrades decide reorganizar la Hermandad, abriéndose el Libro de Hermanos el día 13 de mayo de ese mismo año, celebrándose la Junta Extraordinaria de Constitución el 1 de noviembre de 1985 y el primer Cabildo General de Hermanos el 10 de mayo de 1986.

La Hermandad es erigida canónicamente en la Parroquia de la Santa Cruz y San Felipe Neri el día 9 de septiembre de 1987, siendo Prelado de la Diócesis de Málaga D. Ramón Buxarrais Ventura y párroco de la Santa Cruz D. Isidro Rubiales Gamero, ocupando la capilla que se encontraba en el presbiterio bajo, tras el Altar Mayor.

El 19 de mayo de 1985, se bendice la imagen de María Santísima del Patrocinio, Reina de los Cielos. El 4 de febrero de 1989 es bendecida la imagen titular del Nazareno de la Salutación, acudiendo el día siguiente el Sr. Obispo D. Ramón Buxarrais Ventura a celebrar la Eucaristía.

Los Estatutos son aprobados por la Autoridad Eclesiástica el 12 de septiembre de 1987, pasando a ser Hermandad de Penitencia. Realiza la primera salida procesional por las calles de su feligresía llegando hasta el Monasterio de San José de las Reverendas Madres Carmelitas Descalzas el 6 de abril de 1990, Viernes de Dolores.

Antonio Ruiz Pérez, Delegado Episcopal de Hermandades y Cofradías, con la autorización de D. Ramón Buxarrais, Obispo de Málaga, con fecha 11 de noviembre de 1988 da la conformidad para el ingreso de la Hermandad en la Agrupación de Cofradías de Semana Santa.

Esto se produce tras la aprobación por unanimidad de la Asamblea de la Agrupación de Cofradías celebrada el 15 de octubre de 1990, siendo Presidente D. Francisco Toledo Gómez y Secretario D. Adolfo J. Navarrete Luque. Desde entonces la Hermandad es miembro de pleno derecho de la entidad.

Realiza su Primera Estación de Penitencia a la Santa Iglesia Catedral Basílica de Santa María de la Encarnación el 24 de marzo de 1991, Domingo de Ramos.

En 1994, con motivo de la celebración del X Aniversario de la Hermandad, se realiza un amplio programa de actividades, destacando la edición de dos libros, ciclo de conferencias y cultos extraordinarios, con la imposición de una nueva corona a la Virgen del Patrocinio.

En Cabildo General Extraordinario celebrado el domingo día 23 de enero de 2000 se aprueba la compra del edificio del Hogar Parroquial sito en calle Cabello, 21 y de un solar contiguo, situado en la calle Parras número 1, destinado a construir la futura Casa Hermandad de la Cofradía.

Con motivo de los actos celebrados durante el Año Jubilar de 2000, el sábado 25 de marzo, la Hermandad de la Salutación junto con otras trece hermandades forma parte del Magno Vía+Crucis que se celebró por las calles de Málaga, representando la VIII Estación.

El 19 de octubre de 2000, son aprobados por la Autoridad Eclesiástica los nuevos Estatutos de la Hermandad.

Debido a las obras que se realizan en la Parroquia de San Felipe Neri, el día 1 de noviembre de 2001 las sagradas imágenes de Jesús Nazareno de la Salutación y María Santísima del Patrocinio, Reina de los Cielos, son trasladadas hasta la Iglesia de San Julián, sede de la Agrupación de Cofradías, ocupando el altar de San Carlos Borromeo, permaneciendo en dicho templo hasta el viernes 15 de marzo de 2002, en el que tras una corta procesión que llega hasta el Monasterio de San José de las Reverendas Madres Carmelitas Descalzas, son devueltas a su sede canónica.

Otra fecha importante en la historia de la Hermandad es la del sábado 28 de enero de 2006, cuando se coloca la primera piedra de la futura Casa Hermandad, asistiendo a este acto el Obispo de la Diócesis D. Antonio Dorado Soto, el Alcalde de la ciudad D. Francisco de la Torre Prados, el Presidente de la Agrupación de Cofradías D. Rafael Recio Romero, así como diversos concejales del Ayuntamiento, hermanos mayores y cofrades malagueños.

El domingo 11 de noviembre de 2007, tras la Función Religiosa celebrada con motivo de la festividad del Patrocinio de Nuestra Señora, se presenta el diseño del trono para nuestra Sagrada titular. El mismo es realizado por D. Eloy Téllez Carrión, la presentación corrió a cargo del hermano de esta Corporación D. Francisco Luis Jiménez Valverde.

Antes de la celebración de la Sabatina mensual a la Virgen del Patrocinio, el sábado 26 de marzo de 2011, es bendecido un mosaico con la imagen de nuestra Sagrada titular en la fachada del Convento de San José de las Reverendas Madres Carmelitas Descalzas, para conmemorar el XXV aniversario de la bendición de la talla. El retablo cerámico donado por un grupo de hermanos está realizado por el artista Daniel García Romero

El domingo 1 de agosto de 2010, son trasladadas las imágenes del Nazareno de la Salutación y de María Santísima del Patrocinio, Reina de los Cielos, hasta la Iglesia Conventual de la Aurora y Divina Providencia, debido al inicio de las obras en la Parroquia de la Santa Cruz y San Felipe Neri. El Nazareno de la Salutación es situado en el presbiterio de la Iglesia, ocupando la Virgen del Patrocinio el altar de San Martín de Porres. Nuestros Sagrados titulares permanecen en el Convento de las Catalinas hasta el sábado 26 de noviembre de 2011 cuando son trasladados en procesión hasta su Sede Canónica, pasando a ocupar la antigua capilla de la Sagrada Familia, la primera del lado del evangelio, a los pies de la Iglesia.

Coincidiendo con los cultos del Patrocinio de Nuestra Señora, el sábado 12 de noviembre del citado año, se formaliza el hermanamiento de nuestra Hermandad con la Muy Ilustre, Antigua y Venerable Hermandad Sacramental de Nuestro Padre Jesús Nazareno de Viñeros, Nuestra Señora del Traspaso y Soledad de Viñeros y San Lorenzo Mártir. El acto tiene lugar tras la celebración de la Sagrada Eucaristía oficiada por el Reverendo Padre Fray Justo Díaz Villarreal OSA.

Dentro de los actos celebrados con motivo del XXV Aniversario de la bendición del Nazareno de la Salutación, en 2014, el segundo viernes de Cuaresma, 14 de marzo, la Hermandad realiza un Santo Vía+Crucis conmemorativo. La talla que fuera gubiada por Dubé de Luque es procesionada sobre las andas de traslado de la cofradía victoriana del Rocío, sobre un monte de lirios morados, con el adorno de dos ángeles pasionista de la Hermandad Sacramental de Viñeros.

En su ida hacia el Convento de las Reverendas Madres Carmelitas son rezadas las XIV Estaciones del Vía+Crucis de Juan Pablo II por los hermanos mayores de las corporaciones de San Felipe, del Domingo de Ramos, así como por el de la Hermandad de la Piedad.

En el recorrido de vuelta a nuestra sede Canónica las andas cuentan por el acompañamiento de la Capilla Musical Nuestra Señora del Carmen Doloroso.

El jueves 21 de enero de 2016, la Hermandad entra a formar parte de pleno derecho de la Fundación Corinto, que gestiona un economato social, cuya finalidad es la de facilitar a las familias que se encuentran en una difícil situación económica la adquisición de alimentos y productos de higiene y de primera necesidad a precios de costo subvencionando la Hermandad el 75 % de su importe frente al 25 % que abona el comprador.

2017 es un año histórico para nuestra Corporación. El Domingo de Ramos 9 de abril, María Santísima del Patrocinio, Reina de los Cielos procesiona por primera vez bajo palio, haciendo Estación de Penitencia en la Santa Iglesia Catedral junto al Nazareno de la Salutación.

El 27 de julio de 2018 el Cabildo de hermanos aprueba el proyecto para la construcción de la nueva casa hermandad. En el solar de calle Parras, 1 se levantará un edificio de apartamentos cuya planta baja se convertirá en salón de tronos de la Hermandad, estando comunicado con las actuales dependencias de calle Cabello, las cuales serán totalmente reformadas. La fachada será restaurada y se recuperará las pinturas murales de la misma.

En el año 2020 se cumplieron treinta años de la primera salida procesional de la Hermandad que tuvo lugar el Viernes de Dolores 6 de abril de 1990. Y el 24 de marzo de 2021 se cumplieron tres décadas de la primera Estación de Penitencia a la Santa Iglesia Catedral Basílica de Santa María de la Encarnación.

El 29 de junio de 2020 son aprobados los nuevos Estatutos de la Hermandad conformes al Decreto sobre Hermandades y Cofradías firmado por el obispo de la Diócesis D. Jesús Catalá Ibáñez el 21 de abril de 2019, Domingo de Pascua de Resurrección, que constan de noventa y tres artículos y son por las que se rigen la Hermandad en la actualidad.

La Hermandad procesiona el sábado 5 de marzo de 2022 formando parte del Vía+Crucis Magno conmemorativo del Centenario de la Agrupación de Cofradías, representando la IX Estación Jesús encuentra a las mujeres de Jerusalén.

En los primeros días de octubre de 2024 se inician las obras de restauración de la fachada de nuestra Casa Hermandad de calle Cabello.  Corre a cargo de Quibla Restaura encomendada por la empresa Constructora Urbirades, contando con una subvención del Ayuntamiento de Málaga.

Estos trabajos son la culminación de la reforma interior iniciada en septiembre de 2021 y que supuso la transformación de la sede de la Corporación, dotándola de un aspecto más funcional y diáfano.