El origen de la iglesia de San Felipe Neri está en una capilla que el Conde de Buenavista edificó entre 1720-30, al lado de una casa-palacio que poseía en la calle de Gaona y que pensaba habitar una vez que se retirara de la actividad pública; la iglesia baja la concedió a la Congregación de la Escuela de Cristo quedando la superior como capilla aneja a la casa, que posteriormente cedería a los Filipenses en 1739.                                                                              La construcción de la Iglesia de San Felipe Neri dio lugar a una remodelación urbana de la zona, pues si bien la primitiva capilla quedaba integrada en el caserío, la extensión de la nave congregacional, que fue autorizada por el cabildo Municipal en 1755, supuso la ocupación por ésta de la primitiva plazuela de los Canteros y la compra y demolición de las casas que lo rodeaban para dejar despejado el volumen del templo. Así el trazado actual de las calles aledañas al templo sigue la misma distribución barroca que se marcó en el siglo XVIII.

La iglesia es de planta octogonal con linterna sobre pechinas decoradas con hojarascas que envuelven unos tondos con pinturas atribuidas a Guido Reni (1575-1642), una de las figuras más destacadas de la pintura italiana del siglo XVII y de la llamada escuela boloñesa, y cubierta con una bóveda semiesférica con nervios y molduración geométrica. En uno de los lados se abre una pequeña capilla de planta casi cuadrada cubierta con bóveda de medio cañón que fue la primitiva capilla mayor, ocupada en la actualidad por la Orden Tercera de Siervos de María que se estableció en esta iglesia en 1739. Posee cripta o capilla subterránea con desarrollo cilíndrico y ocupa la misma extensión que la superficie.

La iglesia alcanzó mayor prosperidad entre 1745-55. En esta fecha se estableció la Casa de Estudios y se amplió la iglesia, anexionándose a la capilla octogonal primitiva un cuerpo elíptico con atrio proyectado en 1755 por los maestros de la Catedral, José de Bada y Antonio Ramos; éste dirigió la obra y consta documentalmente que la trazó. La iglesia en su fase final (1778) puede responder a un proyecto de Ventura Rodríguez que no supuso gran variación sobre lo ya realizado y sería ejecutado por José Martín de Aldehuela. Se abrió al culto en 1785.

La fachada de la iglesia responde a un diseño clásico, con portada de dos cuerpos entre dos torres salientes. La portada tiene molduras planas enrolladas, que se asocian a Ribera, y podría responder a la primitiva capilla. Las portadas laterales, rematadas con robustos elementos curvos, responden a un diseño más integrado en las formas finales del siglo XVIII.

El templo fue erigido en parroquia el 1 de agosto de 1841, quedando como filial de la Parroquia de los Santos Mártires.

En el arco toral que da acceso al presbiterio, figura un símbolo muy querido por los filipenses, el triángulo con el ojo de Dios sobre haz de rayos, que centra una filacteria con la oración recogida en el salmo Sal. 90 Vg. 89, 1: «Domine Refugium Factus es nobis, A Generatione In Generationem» (Señor, tú has sido nuestro refugio, de generación en generación) que figura igualmente en el escudo de la Corporación.

Sobre el balcón del coro, un escudo de la orden filipense es el único resto de la caja de órgano que realizó José Martín de Aldehuela.

A través de una puerta abierta en la decorada jamba derecha del arco toral se llega a la sacristía, empezada a construir en 1796, atribuida a Martín de Aldehuela. 

El 12 de mayo de 1931 el templo fue saqueado. Años más tarde, en 1936, sufriría otro asalto, desaparecieron gran cantidad de imágenes de la parroquia. Solo pudieron salvarse la Virgen de Servitas y el Cristo de los Afligidos. 

En el año 2000, las filtraciones y problemas de humedad, agravados durante los últimos años, dieron pie a una actuación conjunta de la Consejería de Cultura y el Obispado, que saneó las cubiertas.

Fue reparada la fachada, en la que aparecieron y se conservaron pinturas murales del siglo XVIII, devolviendo al edificio su antiguo esplendor e imagen original.

El martes 14 de septiembre de 2010, fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz, titular de la Parroquia, se iniciaban las obras de restauración del que posiblemente sea el templo barroco por excelencia de Málaga. El 27 de noviembre de 2011, el Obispo de Málaga, Monseñor Catalá Ibáñez, preside la misa de reapertura.

Dicha actuación consistió en la eliminación de las humedades del templo y la impermeabilización de la capilla subterránea, recuperándola para su uso al culto, sustitución de la solería de la nave y reparación de la solería original del presbiterio, reparación total de la instalación eléctrica, pintura general del edificio y finalmente la adecuación y reordenación de las capillas y retablos.

Otras de las reformas han consistido en la ampliación del cancel de madera de la puerta principal de la iglesia en 40 centímetros para facilitar que las maniobras de salida y entrada de los tronos se puedan hacer con mayor holgura.

En el presbiterio lucen seis tablas de grandes dimensiones pintadas por Raúl Berzosa. Los dos óleos centrales recrean la vida de San Felipe Neri: Éxtasis de San Felipe y La visión de la Virgen María. Las cuatro restantes son escenas de la Resurrección de Cristo: La cena de Emaús, La aparición de Cristo a María Magdalena, La incredulidad de Santo Tomás y Aparición en Galilea.

Igualmente, este mismo artista ha realizado los tondos que se ubican en la nave central sobre los altares de las cofradías y de San Felipe Neri y que representan a los cuatro grandes profetas del Antiguo Testamento: Isaías, Jeremías, Ezequiel y Daniel.

El tabernáculo del altar mayor, realizado por el arquitecto José Martín de Aldehuela en 1790, también ha cambiado su imagen, siendo coronado por la escultura de la fe, destruida en 1931, que luce los atributos característicos (cáliz, cruz y venda) obra de Raúl Trillo y Salvador Lamas realizada en madera policromada y estofada. 

En interior de la Iglesia se encuentra la capilla de la Archicofradía de la Sangre con las imágenes del crucificado, obra de Francisco Palma Burgos y la Virgen de Consolación y Lágrimas, talla de vestir del siglo XVIII atribuida a Fernando Ortiz. Un altar con un Ecce-Homo en barro policromado del siglo XVIII. La capilla de la Orden Tercera de Siervos de María, con un retablo realizado en el siglo XX con materiales de acarreo, talla dorada del siglo XVIII, siendo presidido por la Virgen de los Dolores (Servitas), imagen de vestir de Fernando Ortiz. En una capilla vecina está el Cristo de la Victoria, obra de José María Leal y la Virgen de los Dolores en su Amparo y Misericordia, imagen de Dubé de Luque, titulares de la Seráfica Hermandad de la Santa Cruz. 

Los altares que albergan las imágenes de las cofradías de la Sangre, Santa Cruz y Salutación, han sido reformados y unificados en su diseño según fotografías que se conservan en el archivo Temboury, dotándolos con unas hornacinas de arco de medio punto y fondo de mármol rojo. 

En el caso del de nuestra Hermandad, se ha pasado de ocupar desde la bendición de la Virgen del Patrocinio, en mayo de 1986, un altar en la parte trasera del presbiterio, en la primitiva capilla mayor, a ubicarnos en la antigua capilla de la Sagrada Familia, la primera del lado del Evangelio, a los pies de la Iglesia.